Kesehatan pelabuhan adalah suatu upaya untuk mencegah masuk dan tersebarnya penyakit melalui lalu lintas pelayaran internasional yang dilakukan di pelabuhan.
Kesehatan pelabuhan sangat penting untuk melindungi kesehatan masyarakat dari penyakit yang dapat dibawa dari luar negeri. Penyakit-penyakit tersebut dapat berupa penyakit menular seperti kolera, demam kuning, dan cacar. Kesehatan pelabuhan juga berperan dalam mencegah masuknya hama dan penyakit hewan serta tumbuhan ke dalam suatu negara.